与莉可、罗伊以及帕底亚地区的三只最初的宝可梦们一起踏上激动人心的宝可梦世界冒险之旅吧！
动画剧情舞台为2047年，与人类之敌「D2」对抗而荒废的美国。指挥家「朝雏タクト」与「Musicart」的少女「命运」，在失去音乐的世界中各自为了自身的渴望，共同出发前往纽约。
在某个古老村落的遗址深处，那一片禁止入内的区域里，存在着被口口相传为“窥之生厄、亵之招祟”的“不可触碰之物”。世代担任山神守护的三十木谷家的孩子——日向和薰，在一个暴风雨之夜靠近深山，遭遇了被称为“屋跨斑”的那个“存在”。然而两人竟毫不畏惧，反而将这位怪异称作“斑小姐”，并与之亲近起来……
28岁的方平意外重生到了2008年的平行世界，回到了18岁高中时的自己。这是一个由武者体系构成的世界，在这里，武者拥有极高社会地位及权利。因前世战天帝的命运巧合，重生后的方平体内生成了武道系统，可通过接触任意价值的稀有道具转化为武道值，以超越常人的速度将骨骼、筋脉、肉身、气血、精神力等一系列能力提升。通过系统金手指及自身头脑，方平顺利进入摩都武科大学进修，在日后的岁月中，不断完成自我成长。面对未知的困境，他逐渐意识到武者需要承担的责任与守护亲情、友情、爱情的使命。
