《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
泡泡（伍凤春 配音）是一条十分平凡的小鲤鱼，某日，它的家乡鲤鱼湖遭到邪恶的赖皮蛇（贾小军 配音）的祸害，无奈之下，泡泡只能背井离乡，过起了颠沛流离的生活。泡泡得知，唯有借助龙的力量才能够打倒赖皮蛇，于是踏上了寻找龙鳞的旅途。 沉默寡言稳重可靠的阿酷（李金艳 配音）、歌声优美动听但身体孱弱的小美美（陈红 配音）、耳根软，丝毫没有主见的双面龟（张云龙 配音），泡泡一路上结识了这些性格迥异但都同样善良的伙伴们，彼此成为了最坚持和稳定的依靠，众鱼在历尽艰险受尽迫害的过程里建立了深厚的感情，亦磨练了意志。最终，泡泡成功的找回了散落各处的五片龙鳞，来到了赖皮蛇的面前。
源内苍（日笠阳子 配音）是一名十分平凡的高中一年级女生，一天，她收到了一个神秘的包裹，拆开了包装，出现在小苍面前的，是名叫“Frame Arms Girl”的小型机器人轰雷（佳穗成美 配音）。轰雷可不是一般的机器人，她拥有着自我的意识，能够通过学习人类的感情与战斗方式而不断地自我进化，就这样，小苍和轰雷的同居生活拉开了帷幕。 除了轰雷外，还存在着别的机甲少女。个性十分傲娇的短剑（绫濑有 配音）、性格单纯但拥有着广袤的知识的闪燕（长江里加 配音）、行事大大咧咧但充满了正义感的迅雷（桦山南 配音）、没有一丝感情沉默寡言的骨姬（山村响 配音），在轰雷之后，她们接二连三的出现在了小苍的身边。
