时为近未来，人类的心理状态和性格倾向都变得可测定且数值化。人们把这一测定值俗称为“PSYCHO-PASS”，并以此数值为指标积极地迈向“好的人生”。而犯罪也是通过数值来处理。厚生省公安局的刑警们由拥有高犯罪系数、为犯罪者心理所迫的猎犬“执行官”和拥有冷静的判断力、指挥执行官的精英人物“监视官”组成队伍，以由总括生涯福祉支援系统“西比拉系统”所解析的与犯罪相关的数值“犯罪系数”为依据，守护着都市的治安。他们追捕那些数值超过规定值的、有犯罪危险性的犯罪者“潜在犯”，并利用可以瞬时测定“犯罪系数”的断罪之枪“Dominator”将其处决。监视官常守朱经历了无法正确解析“犯罪系数”的“免罪体质者”槙岛圣护的事件，作为一名刑警逐渐成长，并得知了西比拉系统的真相。她依然信守人性与法律秩序，遵从系统的指示，率领新生的刑事课一系，每天与犯罪者对抗着。然而，足以动摇系统的怪物正在他们面前悄悄潜伏着，而他们却对此一无所知
在死神界有留克的死神追加了讲述月亮的场面。伊出不登场。随着夜神总一郎心脏病发作的场面被删除，他在第二次基拉事件时看电视的地方也从医院的病房变成了街头。月和L的初次见面的地方变更为放映室。L想到了基拉对第二个基拉的回答。松田误入松柏集团会议室时做弥撒的地方，从工作间改到搜查本部的房间。在雷姆消失的场面中，留下雷姆笔记本的描写和月亮拾到笔记本的描写被删除，第三本笔记本的情节全部被省略，与《光环2》相连接。L的墓前，追加了日本搜查本部的成员宣誓的场面。部分干部的死因，从心脏麻痹一律改为个别死因。三堂从建筑物坠落死亡。纸村伫立在车站的铁轨上，被电车轧死。奈南川是交通事故。
这是一个关于你自身的故事。你体内的故事——。 人的细胞数量，约为37兆2千亿个。 细胞们在名为身体的世界中，今天也精神满满、无休无眠地在工作着。 运送着氧气的红细胞，与细菌战斗的白细胞……！ 这里，有着细胞们不为人知的故事。
