"在某个世界泡中，武装人偶与死士的冲突从未间断过。伴随着二者之间的冲突不断升级，世界泡的稳定性正逐渐降低。为了拯救这个即将崩坏的世界，人类成立了专门用来管理与控制人偶的组织。为了掩盖黑暗的真相，人类特地给组织取了一个非常可爱的名字——「人偶学园」……——啊哈哈，开玩笑的，怎么可能是那样呢？"
这是五十年后的未来，世界被“神”吞噬殆尽而荒芜的架空故事。 由于遭到突如其来的怪物“荒神”的破坏而失去平衡。在人类文明既有的兵器都因荒神的“捕食”本能而无效化下，生化科技企业“芬里尔”成功利用荒神细胞开发出了名为“神机”的生物兵器。并同时组织了特殊部队“GOD EATER”。自此，人类终于获得了与荒神对抗的力量。 于是，追求知性之极致的荒神，与追求物种延续的人类之间的战争便此展开。在破灭的尽头，究竟是神会先成为人，还是人会先成为神呢？竞争开始了。GOD EATER的任务是把靠近地下居住区的荒神击退，并且把荒神的核心和素材带回。在这样的背景下，玩家将会扮演一名神机使，开始了与死亡擦身而过的每一天。
一次偶然之中，天真单纯的少女美幸（国府田真理子 配音）追随着一只匆匆忙忙的奇怪兔子，掉进了兔子洞，穿越到了一个光怪陆离的奇妙世界之中。在这里，邪恶的红王后（井上喜久子 配音）手握大权，居住在这里的居民们无不遭受到她的迫害。 这是一个人人都为之疯狂的世界，只有美幸一人保持着清醒和理智，她先后遇见了渡渡鸟、柴郡猫（折笠愛 配音）、和秋丽（冬马由美 配音）、冬丽（绪方惠美 配音）等角色，帮助兔子找回了丢失的扇子和手套，勇敢的站出来，带领大家抵抗红王后的残暴统治。最终，美幸才发现，这一切只不过是自己的一个梦罢了，但这真的只是一个梦吗？
