遥远的未来，人类散布到宇宙各处，建立了繁荣的文明，名为「EDEN」。但是在600年前突然发生的不明灾害时空震毁掉了这一切，失去了超光速航行、超光速通信等高科技的宇宙进入了人类文明的「黑暗时代」。 而后到了400年前，「白月」出现在行星「特兰斯巴尔」上空，住在白之月的「月之圣母」将 「遗失文明」中对人类有益的技术称为「天惠」教导给人们，也因此建立了特兰斯巴尔皇国。特兰斯巴尔历100年左右，人类得到了制造宇宙船的能力，此后开拓宇宙的一百年间，支配了128个星系，确立了不败王朝的地位。 在某个看来很普通的边境警备舰队下，有一支直属于月之圣母的特殊部队「天使队」。这支由女性组成的特殊部队，驾驶着遗失文明的结晶「纹章机」，专门负责在银河各地搜寻远古的科技遗迹，加以回收管理。
在一次机缘巧合之下，和妹妹天奈（三泽纱千香 配音） 相依为命的杰（铃木达央 配音）穿越到了100年后的世界，杰震惊的发现，100后的他们曾经的宅邸，变成了一所学校。就这样，杰隐姓埋名改名为神宫司高马，开始在学校中一边学习，一边寻找回到过去世界的方法。 在学校里，杰很快就结识了一帮好友。以自我为中心，谁也不放在眼里的大少爷藤代悠希（KENN 配音）、拥有可爱外表，并常常利用自己的可爱来操纵他人的青叶萤（永冢拓马 配音）、智商和人气都很高，但始终不会以真心待人的绯樱春人（丰永利行 配音）、拥有着和福尔摩斯一样的好奇心的茶野京一（小林千晃 配音）。
