某年夏天，六年级小学生裕太（武井证 配音）独自来到位于深山的萤之丘水库。当年他曾和父亲来到这里捉独角仙，一年前父亲意外去世，曾留下无数美好回忆的水库，对他来说自然别有一番意义。在此期间，他遭遇罕见的暴雨，结果不小心跌落水库。幸运的是裕太成功获救，在一个古色古香的小村庄里，他结识了可爱天真的小女孩纱荣子（木村彩由实 配音）。偶然间裕太发现，自己正身处昭和25年（1950），而这里正是后来沉入水库的小村庄。意外穿越时空三十年，对裕太来说究竟意味着什么呢？ 本片根据网络作家川口雅幸的同名原作改编。
省吾達の帰還から数百年が経った時代。人々はコンピューターシステムに支配された街「エデンシティ」で暮らしていた。それは、かつての人類の過ちを繰り返さない為に取られた手段だった。しかし、その支配を嫌ったレジスタンスによる反攻作戦が開始される。 そして明らかになった支配者ウォン・ダイの正体は、あの矢作省吾だった。地球に帰還した際、彼を7Gのオペレーターと認めなかったクリエーター達は、バーチャルではなく人間であるオリジナル・イヴと彼との接触を恐れ、システムの操り人形ウォン・ダイと化してしまったのだった。 省吾はその支配から開放された直後、後を本作の主人公であるエイジ・タカナカに託して死んでしまう。それを知ったイヴは単身、A.D.A.M.へ向かう。人々を救う為……。
