在风之街“风都”，左翔太郎、拍档菲利普以及所长鸣海亚树子三人经营着侦探事务所。看似一片和平的风都背后，神秘组织在地下流通着能让普通人变成Dopant的“恶之盖亚存储条”。而造成众多离奇事件的神秘组织核心“园咲家”的每个人，都在风都有着很大的影响力。挑战Dopant们引发离奇事件的翔太郎和菲利普两人，使用六根“盖亚存储条”合体变身成假面骑士W，决然地对抗着园咲家族。 园咲家族的目的到底是什么？假面骑士W、菲利普神秘的过去又是什么？隐含着众多谜题，假面骑士W的战斗拉开帷幕……
天赋超群的习武者李阎由于身患绝症，只剩下几个月的生命。他在身陷绝境时意外遇到了一个自称“貘”的男人，被送入“阎浮果树”的一颗果实中。李阎必须在时限内完成系统发布的三个任务，并通过拳赛赚钱换取阎浮点数以购买能够治愈绝症的药剂。随着深入了解自己所在的龙渊城寨，李阎被逐渐卷入城寨内的争端，还察觉到有其他阎浮行走在暗中与自己竞争。突破重重困难后，李阎终于成功完成任务，也获得了新生。
故事发生在风景如画宁静祥和的镰仓，橘一夏（本多阳子 配音）是出生和生活在这里的平凡中学二年级女孩。性格温文尔雅跟所有人都能成为朋友的篁萤子（落合祐里香 配音）、性格活泼开朗元气满满运动神经十分发达的多岐川皋月（川上伦子 配音）和身世非常神秘常常展现出超越了年龄的成熟与知性的宗方未知留（田村由香里 配音），这三名性格迥异的女孩是橘一夏的好友，四人之间感情十分要好。 在学期的最后一天，一夏离开学校之后发现自己十分珍爱的护身符丢在了教室，于是返回了学校，在那里，一夏邂逅了名为黑城舞夏（浅野真澄 配音）的少女。命运的齿轮开始了转动。
