藤原拓海由于不败的战绩，必然会受到新的挑战。 《头文字D》的第二部着重突出拓海的成长，当然不乏激烈的挑战。最经典的要数赤诚和依吕波山路两位老大的比拼。年轻的拓海在爱情上触了礁，在输给帝王车队的lanEvo 3后，拓海遇到了人生的挫折，对自己和AE86产生了怀疑，AE86真的有足够的实力吗？ AE86的重生来自拓海的爸爸文太，他为AE86改装了赛车用引擎。同时，拓海遇到了同样是AE86的强劲对手秋山涉。有意思的是比赛规则是在同一赛道两车来回追赶，直到其中之一能超越对方为止，既要技术又考耐力。胜利让拓海继续接受这辆AE86和重拾信心回到车手的生涯。
三桥晴子的看护对象高泽喜十郎，被寺田卓送去成为由第6世代电脑控制的高性能看护床“Z-001”实验对象。为了救出喜十郎，晴子在骇客老人的帮助下利用喜十郎亡妻高泽春的声音来唤醒喜十郎，电脑却因此产生春的人格而开始失控。
在魔法的世界里，小魔女优优（諸星すみれ 配音）和妹妹宁宁（加隈亜衣 配音）共同经营着诅咒业务，她们每天在魔法的帮助下上天入地，为他人排忧解难，生活悠闲自在，无忧无虑。可就在某个平常的日子里，魔法世界突然出现前所未有的震动，城镇和森林仿佛被某个淘气的孩子用胶水和泥巴杂乱无 章地捏在了一起。优优趋前调查，结果竟意外地来到了另一个世界。在那里她的身形意外变大，好像比实际年龄长了几岁，她遇到了丢失父母的少年孝洋（泽城美雪 配音）一家，得知这是一个没有魔法的世界。为了找到返回魔法世界的办法，并找到孝洋的父母，优优和另一边的姐姐合作，踏上未知的征程…… 本片根据漫画《のろい屋しまい》改编。
突如其来的科技文明，让战争迷雾笼罩着九州大陆全境，魔法与科技的奇妙组合成为君王心中统御天下的王道。然而，从太古时期便销声匿迹的古老神符，它们诡秘的力量在历史尘埃的阴暗面里，悄无声息的操控着整个大陆的命运
