《茶啊二中第六季》时间线来到初三，欢乐的校园日常仍在继续，孩子们迎来了老师、家长们更多的“关爱”，也面临着新的成长挑战，这一季中，大家在校园和家庭生活过程中发生的点滴小事里，凝聚了师生情、友情、亲情的力量，展示了一群平凡却又特别的初中生有笑有泪、真挚动人的青春成长故事。
在唐朝武明空统治时期，以主管全国大案要案的大理寺为舞台，讲述大理寺众人，在白猫少卿李饼的带领下，展开各种惊心动魄的破案冒险，向命运反抗，坚守自己内心正义的故事。
寄宿大学生高桥美咲（樱井孝宏 配音）和大作家宇佐见秋彦（花田光 配音）延续着第一部，仍然继续着他们的恋爱故事。在秋彦的编辑相川小姐和丸川书店的老板的怂恿下，美咲答应参加秋彦的菊川赏得奖纪念酒会。在路途上，美咲意外邂逅了秋彦的哥哥春彦（鸟海浩辅 配音）。小兔老师和家人的关系都很恶劣，夹在中间的美咲左右为难。而难上加难的是，春彦展开了追求美咲的攻势，不是送花就是送草莓，让小兔老师的低气压降到最小值。小兔老师不仅提防着春彦，还得提防着美咲的同学角，但没想到角真正中意的是他自己。 美咲和小兔的恋爱道路上挫折不断。而另外两对，上条弘树（伊藤健太郎 配音）和草间野分（神奈延年 配音）；高槻忍（岸尾大辅 配音）和宮城庸（井上和彦 配音）的感情之路也波折连连。但结局好一切都好。
