在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
上古神兽貔貅皮皮来到了人间，为了躲避人类追捕，逃到了好友四不像开的专门帮助神兽的鹿人店，并结识了一群来自四面八方，性格各异的神兽，开始了远离人烟，轻松惬意的日常。
为了保护小鸡岛居民和这里平静的生活，伍六七和他的伙伴大保和小飞开启了去往玄武国的冒险旅程，去寻找身世的真相和解救小岛的办法，等待他们的又将是更多的未知与奇遇。
人类小女孩可可偶然穿越来到了月球一个叫做梦月乐园的地方。在这里，她结识了一群活泼可爱、个性迥异的梦月精灵，并在国王的请求下当了梦月精灵们的精灵导师，赋予魔法，教导小精灵们学习和成长，承担起解除危机拯救梦月乐园的重任。在可可的领导下，小精灵们懂得了许多道理，也学会了许多技巧和道理，在轻松、愉快的气氛中，可可、艾梦等小精灵一起成长，成为了朋友。 随着时间的推移，秘宝一件件被找到，传说中的危机也将渐渐浮出水面，或许有一天，可可和艾梦会面临更大的挑战，那时，她们将勇敢、坚强上网带领梦月精灵们共同守护梦月乐园。 该片以唯美的画面、细腻的感情，被称赞颇具日本动画名人宫崎骏的风范。该动画找到科幻和现实的对接点、共同点，用较为娱乐、轻松、活泼的方式演绎科幻的魅力。
青虫怪利用监视蔬菜精灵的办法偷窥到了很多蔬菜精灵们的秘密，在得意之下他大肆宣扬，放了个大喇叭对着蔬菜园，循环播放自己观察到的秘密嘲笑蔬菜精灵们，蔬菜精灵们很生气，觉得自己的隐私被侵犯了，大家决定主动出击去找青虫怪算账。没过几天，蔬菜精灵们造出了一个空中播放器，他们要以欺人之道还治欺人之身，收集了青虫怪的癖好和隐私在空中播放，而且还会随着导航向其它的青虫居住地飞行，让青虫怪也尝尝隐私被人侵犯的滋味。青虫怪即恼怒又无可奈何，只好躲在贪吃府不出门，蔬菜园又可以维持一段时间的平静了。
马文·弗洛特可能是有史以来最伟大的侦探，但他仍然无法解开一个谜团：他的家人，他将遵循每一条线索，与他从未停止过爱的前妻一起救赎自己。
