桃夭带着小和尚磨牙、第一季收服的小狐妖、桃都老邻居柳公子一起，为了寻找失踪的百妖谱而云游四方。在途中遇到应声、化蛇、媪姬、照海四个妖怪，为妖怪治疗各种疑难杂症。
有着人类少女的样貌，却不同于人类的存在――精灵。 她们拥有强大的能力，从邻界现身时，因为会伴随名为『空间震』的灾难，她们甚至被称为人类的天敌。 面对精灵的威胁，人类能采取的手段，是以武力歼灭，或是―― 『与精灵约会，使其娇羞』！ 五河士道能通过让精灵娇羞并亲吻精灵来封印她们的灵力。 靠着这个特异能力持续拯救人类及精灵们的士道身边，有股巨大波涛即将袭击而来。 身为世界屈指可数的巨大企业且想获得精灵力量的DEM社，为了夺取士道的性命，将大举来袭。 于是，士道记忆深处里的神秘少女现出原形―― 各种想法错综复杂，史上最大的战争即将开始。
“我对普通的人类没有兴趣。你们之中要是有外星人、未来人、异世界来的人、超能力者，就尽管来找我吧！以上。”这位就是在开学的自我介绍中，发言惊爆的凉宫春日。对于平淡无聊的日常生活无法忍受的她，创立了一个不可思议的社团——让世界变得更热闹的凉宫春日的团，通称SOS团。 虽然同班同学阿虚、寡言读书少女长门有希、萌萌学姐朝比奈实玖瑠、神秘转校生古泉一树等人都被她牵扯进来，但是阿虚以外的三人却有着凉宫春日不知道的大秘密。
