伊森的家园被一隻龙给摧毁，他于是展开旅程，企图彻底歼灭龙族。一名随从出现在他身边，矢言保护他的性命，然而等在伊森前方的危险却远远超过两人想像。当你对抗怪兽……兽性恐怕也会直扑上身。
幼时曾深陷绝望深渊的直枝理树，与4位少年少女相遇了。 在那之后数年，理树作为Little Busters的一员，喧闹地过着快乐的每一天。 这样的时间能够一直持续就好了。理树所期望的只有这样。 某日，恭介突然表示要成立一支棒球队伍， 理树则开始了寻找成员的任务。 在这样的过程中，理树邂逅了新的成员们。 和大家一起参加试胆大会，潜入女生宿舍时被换上女装，一起演人偶剧……。 经历了许多快乐的事情， 同时也在大家的帮助下解决了各自拥有的烦恼。 最后在棒球比赛中，理树确认了和最好的朋友们之间的牵绊。 ——然而，这并不是结束。 和来谷唯湖之间的故事。 理树与铃的故事。 以及，理树和铃终于知晓的“世界的秘密”。 Little Busters真正的物语，自此开始——。
2069年，超智能电脑利用合成体僵傀控制世界，遭到人类的抵抗，为了统治世界并管理人类，超智能电脑派遣无间妖与众僵傀回到2016年，收集人类的精神信息码，提供给超智能电脑。被夺走精神信息码的人，变得毫无情感，如行尸走肉一般，人类社会惨遭涂炭。受害者苏筱筱失去记忆，流浪在城市中。充满热情、相信只要通过努力定会成功的信一，决心帮助苏筱筱找回记忆。寻找记忆过程中，他们不断受到僵傀的袭击。信一得到捕将铠甲系统，在好友志凯等人的帮助下，信一合体为捕将铠甲，痛击僵傀。在危急时刻，又出现神秘的捕将铠甲帮助信一。线索显示，原来僵傀和霸王集团有着千丝万缕的关系，苏筱筱的身世也指向霸王集团。信一面对诸多邪恶力量，一直坚持正义的信念，燃烧不尽的热情，最终消灭了整个邪恶势力，破解了重大的阴谋
