1989年，日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
大好真人（石谷春贵 配音）是一位非常平凡的男子高中生，和大部分的同龄男生一样，真人对游戏和那些勇者斗恶龙的古老传说有着很大的兴趣。唯一令真人感到困扰的是，他拥有一位对他过度保护和过度关心的母亲真真子（茅野爱衣 配音），虽然明白母亲是因为非常的爱自己才会如此表现，但母亲的爱常常令真人感到喘不过气来。 一场意外中，真人发现自己竟然被传送到了游戏世界之中，本以为终于能够摆脱真真子的束缚的真人万万没有想到的是，为了追随儿子的脚步，真真子竟然也紧随其后来到了游戏之中。不仅如此，真真子在游戏里还大受欢迎，人气非常之高。
入间和问题儿童班等人课题所经历的新试炼――那就是一年级最终实绩战斗，进入魔界巨大丛林中确保食物的竞技“收获祭”！班级的同伴都互相成为了肉搏战与谋略战的对手！？带着弓展现出凛然表情的入间，以及掌握着入间成长钥匙的新角色「巴巴托斯·拨子」闪亮登场。和问题儿童们站在一起被谜团包围的一年级生「欧若博思·可可」，将在收获祭成为问题儿童们的对手！？少年魔王决定战，收获祭即将开始！！
统一历1926年。 谭雅·冯·提古雷查夫少校所率领的帝国军第二〇三航空魔导大队， 在南方大陆发起攻打共和国军残党的战役。 他们期待着凯旋休假，但在本国等待着他们的却是参谋本部的特命。 命令称“联邦国境附近有大规模动员的征兆”。 面临新的巨人的觉醒，不顾一切的帝国军自然地将战果扩大…… 与此同时，联合王国主导的多国籍义勇军踏入了联邦内部。 敌人的敌人即是朋友。 被国家理性所引导，迎来多舛命运的他们之中，有一位少女。 玛丽·苏准尉。 她为了向杀害父亲的帝国讨回正义，而拿起了枪。
