新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来， 人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。 具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员， 与研究所员齐心协力，面对强大的敌人！ 究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。 变身！SHINKALION！
彼得（下野紘 配音）是隶属于亚格巴契战士公会的战士，曾经在武斗祭上夺得头筹，被誉为地表最强人类。彼得的最大梦想就是能够成为世界上最强的男人，然后迎娶自己的青梅竹马露薇莉亚（二之宫唯 配音），现在，他离实现梦想仅剩最后一步了。 然而，让彼得没有想到的是，自己所拥有的强大力量和高涨的人气吸引了各族女子慕名而来，她们都想获得继承了这强大基因的孩子。古灵精怪的鬼人族姐妹莉莎（山村响 配音）和美美（竹达彩奈 配音）、性格高傲总是拿鼻孔看人的高等精灵薇绀（上原明里 配音）、个性非常内向，总是缺乏自信的兽人皮格莉特（千本木彩花 配音），这些女子们为了争夺彼得的种子开始了较量。
梦想成为竞泳选手踏上世界舞台的少年．松冈凛。从澳洲回国之后，以实力加入鲛柄学园游泳部并成为重要的一员。曾经最好的对手兼伙伴宗介突然出现，两人因为能再度一同游泳而感到高兴，但谁都不知道宗介决定在鲛柄学园度过高中生活最后一年、背后真正的理由… 这是朝着梦想出发、继续游泳的凛，面对跟独一无二的好友约定的故事。
