《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
娇小害羞的千濑（前田亚季 饰）一直暗恋着同班同学修次（洼冢俊介 饰），终于，在鼓起勇气向修次表白之后，千濑和修次之间纯白的爱情之花绽放了。一天，札幌的上空突然飞来了大量的轰炸机，战争开始了，也就是从那时起，修次发现了深藏在千濑体内的秘密——向来人畜无害的千濑竟然被军方残忍的改造成为了“最终武器”。 尽管心中充满了恐惧与不忍，但只要遭到了攻击，千濑的身体就会不受控制地做出自卫反击，就这样，在短暂的幸福之后，千濑绝望而又无助的，作为兵器的余生开始了。看着身体和心灵都千疮百孔的女友，修次无法说出宽慰之语，他只能通过行动，默默的陪伴在千濑的身边。
金发碧眼的小女孩爱丽丝（Kathryn Beaumont 配音）天生爱幻想，枯燥且没有图画的书籍最令她烦恼。这一天，爱丽丝在野外看见一只穿衣戴帽、匆匆赶路的兔子。出于好奇，她跟着兔子钻进了一个树洞，继而掉落到一片未知的奇幻世界。在这里，爱丽丝的身形忽大忽小，还遇见了搞怪 的双胞胎兄弟弹弹丁和弹弹当、癫狂无比的疯帽匠（Ed Wynn 配音）和三月兔（Jerry Colonna 配音）、以及来无影去无踪的妙妙猫，由此引出了不少的笑话和奇遇。当然，最令爱丽丝感兴趣的还是那只慌里慌张赶路的兔子。在它的引领下，爱丽丝来到了红心皇后的城堡，更大的冒险等待着她…… 本片根据英国作家路易斯·卡罗的同名原著改编。
