故事发生在秀知院学园之中，只有在智商上非常顶尖的少年少女们才能够获得进入这所学园学习的资格，而在学园的学生会中，更是汇聚了就算在这间学园里也能算得上是数一数二的精英们。白银御行（古川慎 配音）是学生会的会长，虽然出生在贫穷的家庭之中，但他凭借着自己的极端努力在学生中脱颖而出。 同样优秀的，还有副会长四宫辉夜（古贺葵 配音），虽然各方面都属拔尖，但她的性格却给人一种冷淡的感觉。实际上，白银和四宫在情感上相互吸引着，只是他们谁都不愿意首先迈出第一步，而是想方设法逼迫对方行动，一转眼半年过去了，两人的关系可谓是毫无进展，这可怎么办呢？
月落和亚晨是一对双胞胎兄妹，他们在一个与世隔绝的深山小村落里出生，被称为“分隔夜与昼的双子”。他们拥有获得特殊力量的资格，一场围绕他们的双使战斗也随之展开。 双使是一种成对的存在，被人类冠以“幽灵”、“怪物”、“怪兽”或“异形”等各种各样的称呼。它们并非人人可见，各自拥有不同的外表、性格和能力。每对双使都有一个与之缔结契约的主子，而指挥它们的主子被称为“双使师”。 许多大人在双胞兄妹开始懂事前就暗中操纵，试图夺取他们的力量，因此月落和亚晨在年幼时就被迫分离。本作故事以兄妹俩的重逢展开序幕。
有一段时间,我(作者)沉迷于伟大物理学家霍金的宇宙与时间学说,无法自拔。后来我拿到这个命题《超神学院》,同时我玩着英雄联盟这个游戏,于是,展开了我对宇宙与未来漫无边际的想象。也许《超神学院》并没有遵守任何现代科幻与奇幻的格式与套路,而毫无顾忌的做着自己的梦想,一个类似于动漫中国梦的梦想.就让我们从地球保卫战开始,慢慢探讨人与未来吧.超神学院主要分4个季度讲述神与未来的科幻/奇幻故事.第一季度重点讲述地球人是怎样建立并训练一只足以抵御未来威胁的雄兵连战队,第二季度主题则是放在航空母舰巨峡号上,开始一场波澜壮阔的地球保卫战,第三季度则围围绕乱世出英雄,来讲述每个已经成熟了的雄兵连战士的英雄故事。
东京港突然出现了超级怪兽度林卡。青年东光太郎挺身而出，孤身奋战击败了怪兽，得到赛特队重视，成为赛特队一员。再一次与怪兽战斗中，献出了生命，这时奥特之母将泰罗的生命给予了东光太郎，东光太郎亦因此成为泰罗奥特曼。
