在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
故事发生在一个虚构的奇幻世界中，在这个世界里，每个人一出生起即拥有一本生命之书，所有人的一生，都会顺应着书中所写的脚本按部就班的发展下去。埃克斯（逢坂良太 配音）是其中的异类，因为他的生命之书竟然是空白的。为了寻找自己命运的线索，埃克斯踏上了旅途。 身世神秘的调音巫女蕾娜（上田丽奈 配音）、好爽奔放的强壮青年塔奥（江口拓也 配音）、我行我素不拘小节的少女诗音（久保田未梦 配音），一路上，埃克斯遇到了很多拥有异常生命之书的旅伴们，在结伴而行的过程中结下了深厚的友谊。
#盾之勇者成名录# 第4季制作决定！
一次偶然之中，天真单纯的少女美幸（国府田真理子 配音）追随着一只匆匆忙忙的奇怪兔子，掉进了兔子洞，穿越到了一个光怪陆离的奇妙世界之中。在这里，邪恶的红王后（井上喜久子 配音）手握大权，居住在这里的居民们无不遭受到她的迫害。 这是一个人人都为之疯狂的世界，只有美幸一人保持着清醒和理智，她先后遇见了渡渡鸟、柴郡猫（折笠愛 配音）、和秋丽（冬马由美 配音）、冬丽（绪方惠美 配音）等角色，帮助兔子找回了丢失的扇子和手套，勇敢的站出来，带领大家抵抗红王后的残暴统治。最终，美幸才发现，这一切只不过是自己的一个梦罢了，但这真的只是一个梦吗？
《JoJo的奇妙冒险OVA第一期》(1993年-1994年，共6话)是根据原作漫画第三部后半部分改编的动画作品，描述发生在埃及的战斗。另外，第二期OVA(2000年-2002年，共7话)改编的是原作漫画第三部前半部分的内容。 2007年5月25日发售的《JoJo的奇妙冒险 第3部 星尘斗士 DVD-BOX》(共13话)收录了OVA第一期和第二期的全部内容，并按故事发生的时间先后顺序，把OVA第一期安排为第8话到第13话。 OVA第一期在2007年DVD-BOX中的话数安排如下： 話数标题 発売日 Adventure 8「愚者」のイギーと「ゲブ神」のンドゥール -前編- 1993年11月19日（VHS、LD） 2002年8月23日（DVD） Adventure 9「愚者」のイギーと「ゲブ神」のンドゥール -後編- 1993年12月17日（VHS、LD） 2002年8月23日（DVD） Adventure 10ダービー・ザ・ギャンブラー 1994年7月21日（VHS、LD） 2002年9月20日（DVD） Adventure 11DIOの世界 -亜空の瘴気ヴァニラ・アイス- 1994年8月9日（VHS、LD） 2002年9月20日（DVD） Adventure 12DIOの世界 -花京院 結界の死闘- 1994年10月21日（VHS、LD） 2002年10月25日（DVD） Adventure 13DIOの世界 -さらば友よ- 1994年11月18日（VHS、LD） 2002年10月25日（DVD）
