故事发生在砂刑历93年。一艘名为“泥鲸”的漂泊船上，生活着513名居民。他们分为两个种族——拥有超能力的“印族”，以及没有超能力的“无印族”，相比于印族，无印族拥有更长的寿命。某一日，一个名为莉柯丝（石见舞菜香 配音）的少女被一位名叫查克罗（花江夏树 配音）的少年发现在了废墟之中，当男孩遇见女孩，命运的齿轮开始了转动。 莉柯丝开始了在泥鲸的生活。德高望重即将成为下一任领导人的斯沃（岛崎信长 配音）、对岛屿外的世界充满了好奇的奥尼（梅原裕一郎 配音）、天真可爱不谙世事的萨米（金元寿子 配音），在岛上，每一段相遇都会交织出一段新的乐章。
こんな未来があったらいいな、と思わず言いたくなるような近い将来のとある港町――萌桜町。 町の顔ともいえる電子機器メーカーの大手ＡＭＢカンパニーが、動物によるアニマルセラピーならぬ 美少女アンドロイドによる萌えセラピー効果を狙いとした新サービス、『萌えＣａｎちぇんじ！』をスタートすることが発表され、 おおいにわき返る町の一角でその広報を担当する、通称「ナビ嬢」に選ばれた喜屋武知恵と萌木杏奈は今日もリハーサルに励んでいた ――といってもノリノリなのは知恵だけだったが。そんな二人の仲睦まじい（？）様子を物陰から伺う人影が。 不思議な力を発揮するスマートフォンや食べたらびっくりのケーキ屋さんに迷いこんじゃったりと、 二人のまわりでは次々とトラブルが巻き起こっていく。裏で暗躍する（？）謎の二人組もいて…… 人気携帯ゲーム『萌えＣａｎちぇんじ！』の世界観を、キャラクターたちのひと騒動を通して描くフレアイパワフルコメディＯＶＡ。 ──世界は萌えで変革する──
