在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
全人类被神奇的现象一瞬间石化后过了几千年—— 拥有超人般头脑、天生的科学少年·千空苏醒了。 在文明遭到毁灭的石之世界（STONE WORLD）里，千空决定要用科学的力量复原整个世界。而与此同时苏醒过来的有，以有着过人体力的儿时玩伴·大木大树为首的伙伴们，从零开始创造文明—— 从石器时代到现代文明，绝对要赶上这科学史的200万年差距！ 前所未闻的创世冒险谭，就此开幕！
魔、无头骑士、雪女、以及吸血鬼——。与我们人类略有不同，他们就是“亚人”。在最近则是被称作Demi。 这些有个性的“亚人”们，与对她们怀有深厚兴趣的高中教师·高桥铁男所展开的，稍有些刺激的心动学园亚人喜剧！
纪元前，在中国西方的秦国，年轻的千人将·信曾与已故的好友有着「天下的大将军」这一共同的梦想，而至今仍以此为目标。 此时，秦国成功攻陷了军事上最重要的据点山阳，并由此向中华统一又迈进了一步。但，对于可能改写七国势力图的这一手感到危机感的赵国天才军师·李牧，以楚国宰相·春申君为总大将，楚、赵、魏、燕、韩、齐六国兴起合纵军，开始进攻秦国！ 面对前所未有的危机，秦国集结所拥有的全部武力，迎击合纵军！！
