每当黑暗污染这片大地时，一群正义勇敢的少年便会挺身而出，他们环绕在雅典娜的周围，与世间邪恶展开殊死搏斗。一代又一代，雅典娜的圣斗士们从未退却。当星矢、紫龙等圣斗士经历了无数的磨难与考验后，新一代的圣斗士也相继成长起来。他们分别是天马星座光牙（绿川光 配音）、幼狮星座苍摩（小西克幸 配音）、天鹰星座尤娜（雪野五月 配音）、天龙星座龙峰（柿原彻也 配音）、豺狼星座荣斗（柿原彻也 配音）等人。与此同时，蕴藏着黑暗小宇宙的邪恶战神玛尔斯（柴田秀胜 配音）率领斗士火星士向和平的大地逼近。圣斗士的内战再次掀起，而正义的战士们也面临着新的挑战…… 本片依据日本著名漫画家车田正美的经典原著改编。
“夏亚的反叛”的第二次新吉翁战争12年后，宇宙世纪105年（U.C.0105），一个名为“马夫蒂”的反地球联邦组织开始以暗杀政府高官的方式对抗强权统治的地球联邦政府。该组织领导人马夫蒂·纳比尤·艾林的真实身份，是曾与阿姆罗·雷并肩作战的一年英雄布莱特·诺亚之子——哈萨维·诺亚。虽被展现奇异力量的少女琪琪·安达露西亚言语捉弄，但哈萨维仍为实现马夫蒂的目标而步步推进。与此同时，追捕马夫蒂的联邦军大佐凯奈斯·斯雷格收到了刑事警察机构汉德利·约克桑的密约提议。在哈萨维与肯尼斯各自为实现目标而行动时，琪琪亦为履行自己的使命，踏上了前往香港的旅程。
圣杯是传说中可实现持有者一切愿望的宝物。而为了得到圣杯的仪式就被称为圣杯战争。 参加圣杯战争的7名由圣杯选出的魔术师被称为Master，与7名被称为Servant的使魔订定契约。他们是由圣杯选择的七位英灵，被分为七个职阶，以使魔的身份被召唤出来。能获得圣杯的只有一组，这7组人马各自为了成为最后的那一组而互相残杀。 卫宫切嗣的养子卫宫士郎，偶然地与servant中的剑士Saber（セイバー）订定契约，被卷入圣杯战争当中...
宇宙中的神秘组织似乎对能源核感兴趣，然而五位超人在拯救星星球时失踪了，黑暗势力悄然来袭，谁能承担起守护能源核的重任？ 五超人前往灰心星球追查越狱的月舞星影下落，却意外发现月舞星影的目的竟然是灰心星的能源核。超人在追查过程中，意外得知大大怪竟然是一直侵略星星球的背后真凶， 但为了保护灰心星球，超人们决定暂时和大大怪（高全胜 配）合作对抗月舞星影以及背后的宇宙黑暗势力。在这个过程中，他们不仅发现了5颗能源核背后隐藏的重大秘密，也知道了伽罗体内黑暗力量的真正来源。
梦想成为职业球手的小山羊威尔，虽然天生身材矮小，却凭借超凡球技闯入梦寐以求的球队。然而本以为是梦想起点，没想到却是“地狱开局”，这支梦中情队不仅赛绩成绩堪忧，队友还个个都是“人才”。面对来自队友的质疑与对手的嘲讽，他能否用自己的意志点燃球队，带领这支落魄之师创造新的奇迹？
