全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年——。 拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。 “从石器时代到现代文明，要跨越这科学史上的200万年！”。 在这走投无路的状况中，千空寻找着伙伴，决心取回原先的世界！
《云奇飞行日记（第二部）》主要讲述云奇和一群新朋友一起在团团飞行学校发生的开心的事情和一些津津有味的故事。 云奇的梦想是做环绕世界一周的旅行飞行，截止目前团团机场还没有一架飞机去过世界的各个机 场，云奇决定成为团团机场第一架环游世界的飞机，但是大家都认为作为小型机的云奇在没有通过长距离和艰难航道的考试，环绕世界一周是不可能的，但是云奇认为他可以实现，云奇在为自己的环球飞行计划进行紧张的筹备，并选择在一天台风来的那天，大家无暇顾及他的时候开始进行环绕世界一周的旅行……但是，就像我们想象的那样，云奇被台风影响，陷入坠机的危机中。通过迫降，云奇终于回到了团团机场，但是从那天之后，云奇被暂停禁止飞行。环绕世界一周的计划失败了，云奇很不开心。看到云奇这个样子，团团机场的综合控制塔妮妮和团团机场的朋友们都很担心。最后团团机场的综合控制塔妮妮和云奇提了一个特别的约定——进入“团团飞行学校”能够通过最后的考试！
天野雪辉（富樫美铃 配音）是一个平日里喜欢在手机中记录日常琐事的孤僻少年，一日偶然间，他发现自己居然拥有了能够预知未来的“未来日记”，而此时，兴奋又好奇的他并不知道，自己已经被卷入了一场永无止尽的杀戮游戏中去。作为控制整个游戏的时空之神，宙斯（若本规夫 配音）选中了12名年龄和职业各异的男女，赋予他们拥有不同能力的“未来日记”，而他们所要做的，就是尽其所能利用自己的日记逃避同伴的追杀并且尽可能的杀死同伴。失败的人将和日记一同消失，而最后的胜利者，可以成为下一届游戏的神。 就是这样毫无理由的残酷游戏，作为同学一直爱慕着雪辉的我妻由乃（村田知沙 配音）也被卷入其中，他们将面对的，是怎样强大的对手呢？善良单纯的他们能够逃脱神的掌控吗？
