经过南国小岛上和鹰冈的决斗，3年E班的各位与杀老师（福山润 配音）的关系进一步拉近。虽然暗杀活动仍在继续，然而这似乎已经变成了师生之间互动玩乐的重要环节。以茅野枫（洲崎绫 配音）为代表的学生们又开始策划更加精彩的暗杀陷阱。除此之外，他们帮助比琪老师（伊藤静 配音）追求乌间惟臣（杉田智和 配音），又或者磨刀霍霍与A班的精英们展开荣誉与尊严之战。与此同时，白先生带领堀部系成（绪方惠美 配音）卷土重来，而神秘的死神则将E班推向各位凶险的境地。随着最后期限一天天逼近，杀老师和学生们的关系变得愈加微妙…… 本片根据松井优征的超人气漫画改编。
田仲俊彦（绿川光 配音）在初中时代就已经是实力不菲的足球高手了，为了追随崇拜的足球手久保嘉晴，俊彦考入了挂川高中，并加入了足球部。在赛场上，俊彦散发出了耀眼夺目的光芒，很快，他就成为了球队之中的红人，受到了队长久保的承认和赏识。 俊彦和初中时代的黄金搭档平松与白石健二三人一起进入了球队的首发名单，然而，就在这个节骨眼上，俊彦得知了久保患上了白血病的消息。这一噩耗让俊彦深受打击，失去了斗志，在劲敌马堀和恋人美奈子等人的鼓励和帮助下，俊彦总算重新找回了斗志，他要带着久保的遗愿，在全国大赛的赛场之上将宿敌藤田东高中球队打得落花流水。
好不容易夺回了地球和平，却出现了巨大的时空城，新的敌人艾塔尔加向银河与维克特利发起挑战。女战士娅蕾娜说时空城内封印着高斯等人，奥特战士的命运、地球的命运将会变成什么样呢？
