时为公元2205年。 是以改变历史为目的的“历史修正主义者”开始对过去实施攻击的时代。 被赋予了守护历史这一使命的“审神者”，由他们所唤起的最强付丧神“刀剑男士”。 这是，他们以“某个本丸”为舞台，一心一意、开朗明快地生活的“花丸”日常物语——
为了打倒那个害他家破人亡的叔叔，少年玄天踏上了剑道的修行。从懵懂少年到一代剑神，曾经认为的强者现在已如微尘。一指诛神皆寂灭，我以我剑逆苍穹！而他的征途，便是那无尽的苍穹！
故事是发生在Milo与Kida留在亚特兰提斯之後的事情。几艘货船途经亚特兰提斯北方的海面遭受攻击，於是Milo 、Kida跟随来访的探险小组一同展开调查，却发现攻击者并不是机器龙虾，而是其他神秘的力量。渡过这次危机之後，Kida 为了找出魔幻水晶最适合的安排方式，便和 Milo 与探险队员踏上旅程，她要查出为何当初她父亲要把水晶隐藏起来，害他们的文明差点毁灭。他们也要做出决定，到底该把魔幻水晶拿来运用呢？还是将其永远隐藏起来？
