故事发生在洋溢着青春气息的校园里，在这里，活跃着各种各样的可爱的女孩子们。 虽然成绩非常的优秀但实际上整个人都有些天然呆的椎名心实（佐藤聪美 配音）、个性活泼开朗非常热爱广播事业的樱井明音（佐藤利奈 配音）、看上去非常冷淡但是实际上拥有一颗炙热心灵的村上文绪（名冢佳织 配音）、虽然是来自法国的留学生，但是对日本的一切文化都充满了好奇心和热情的克洛伊·勒梅尔（丹下樱 配音）、对可爱的女孩子完全没有抵抗力，到哪里都带着单反照相机的望月艾蕾娜（原田瞳 配音），被这些个性迥异的女生们环绕的日常就此拉开了序幕。
省吾達の帰還から数百年が経った時代。人々はコンピューターシステムに支配された街「エデンシティ」で暮らしていた。それは、かつての人類の過ちを繰り返さない為に取られた手段だった。しかし、その支配を嫌ったレジスタンスによる反攻作戦が開始される。 そして明らかになった支配者ウォン・ダイの正体は、あの矢作省吾だった。地球に帰還した際、彼を7Gのオペレーターと認めなかったクリエーター達は、バーチャルではなく人間であるオリジナル・イヴと彼との接触を恐れ、システムの操り人形ウォン・ダイと化してしまったのだった。 省吾はその支配から開放された直後、後を本作の主人公であるエイジ・タカナカに託して死んでしまう。それを知ったイヴは単身、A.D.A.M.へ向かう。人々を救う為……。
