《雄兵连》系列是国内首部3D军事科幻题材动漫作品，《雄兵连3雷霆万钧》为该系列故事最新续作，剧情承接上一季，讲述地球与天使阵营结盟，共同对抗外星恶势力的故事。
阴云密布的本能町，在神秘恐怖的本能字学园，高高在上的学生会长鬼龙院皋月（柚木凉香 配音）只手遮天，她通过“极制服”统领校内的学生，极制服由所佩戴的星星数量分级，级别越高拥有的战斗力就越强。这一天，一个背着单片太刀剪的女孩出现在本能字学园门口。她叫缠流子（小清水亚美 配音 ），为了调查杀害父亲的真正凶手而来到这个凶险的所在。谁知她刚刚到来不久，便遭到蟇郡苛（稻田彻 配音）、猿投山渦（桧山修之 配音）等学生会四天王的阻击。 关键时刻，缠流子意外得到父亲制作的黑色神衣，由此战斗力大增。连番激烈的战斗在本能字学园展开……
高一结束的春假，糸因为母亲再婚而搬家。 但让她没想到的是，竟多了四个弟弟，令她大为震惊！ 虽然她全力想与新家人打好关系，但长男·源的态度却异常冷淡⋯ 然而，在他冷酷的表情背后，却能隐隐窥见一丝温柔⋯？
在遥不可及的远古年代里，人类与神曾经共存于同一片大地，分享一样的天空世世代代，千百年来当每一个人都对神敬畏膜拜。当每一个人都认为受神劳役是理所当然的事，他选择了一条不一样的路他，要以凡人的身份向众神挑战...
空（松冈祯丞 配音）和白（茅野爱衣）是网络世界里人尽皆知的传奇人物，两人在虚拟的战斗中所向披靡，甚至被称为传说一般的存在。然而，在现实世界中，兄妹两人却是连家门都不敢出的“御宅族”，患有严重的人群恐惧症。 某日，空和白收到了一位陌生少年传来的讯息，因而被召唤到了异世界中 ，在这里，人类种、森精种、天翼种和机凯种生活在同一片土地之上，这里没有战争和暴力，有的只是一场又一场无休无止的游戏，一切利益和权利，皆由游戏的结果决定。弱势的人类种在游戏中节节败退最终蜗居在最后一片净土之上，空和白的到来能否改变这悲惨的现状？
平凡的高一学生陆水银，喜欢校内第一的大小姐陆怜。 但陆怜突然不可思议地被诱拐到盗墓游戏的世界中， 追着她的水银也在美少女向导双子星的邀请下前往那个世界。 之后，他接过已被加以百亿课金的终端。 水银为了守护陆怜，成为游戏世界最后的“守墓人”，参加与“盗墓者”之间的攻防战。 在战斗的途中，他们的秘密也逐渐揭晓——。
网游荣耀中被誉为教科书级别的顶尖高手叶修，因为种种原因遭到俱乐部的驱逐，离开职业圈的他寄身于一家网吧成了一个小小的网管，但是，拥有十年游戏经验的他，在荣耀新开的第十区重新投入了游戏，带着对往昔的回忆，和一把未完成的自制武器，开始了重返巅峰之路。
蜷川亚室（丰崎爱生 配音）自幼生活在海边，有着了不起的游泳技术，是一个个性活泼开朗的女生。今年，她就要转入著名的县立海商高等学校开始新的学习生活了，会有怎样的好运等待着她呢？一进入学校，亚室即选择了自己热爱的游泳部，没想到，有用不的经理人兼部长冲浦要（丰永利行 配音）居然是一个连水也不敢碰的旱鸭子。 在游泳部里，亚室认识了很多志同道合的好友：坚强好胜的织冢桃子（生天目仁美 配音），个头矮小长相幼齿的生田莳辉（清水爱 配音），表面清纯内心却十分好色的静冈魅玲（福井裕佳梨 配音）。在亚室的支持和鼓励下，冲浦要也渐渐的开始尝试从前十分恐惧的游泳运动。而他和亚室之间的关系，似乎并不是部长和部员这么简单。
故事发生在地处偏远的小岛“浦岛”上，虽然那里风景如诗如画民风淳朴又自由，但世世代代都生活在那里的原住民们，他们被曾经发生过的事情和古老的繁文缛节所限制。随着时间的推移，无法看到未来希望的居民们开始自暴自弃。 一天，一位名为三千里切那（铃木达央 配音）的男子被海浪冲到了沙滩上，失去了重要的记忆的他，只知道自己背负着拯救世界的使命。在岛上，切那邂逅了只在夜晚出门的顽固家里蹲御原凛音（田村由香里 配音）、个性大大咧咧有些男孩子气的枢都夏莲（阿澄佳奈 配音）和拥有着悲惨身世灵感力极强的伽蓝堂纱罗（山村响 配音）。
