《东京食尸鬼第三季》混杂于群众之中，以人类的肉为食。拥有人类的形态，却与人类不同的存在……“喰种”。对“喰种”进行驱逐、研究的CCG，为了达成某个命题，而新设了实验体集团。 ——其名为“Quinx”。并非“正经人类”的他们，与佐佐木琲世一等搜查官一起在“东京”面对的事物究竟是——！？
娆疆一行归来，李嗣源已称监国，借天子之名四处绞杀不良人，而身为天子的李星云也即将面临一个新的选择……
故事发生在名为“风祭”的都市之中，天王寺瑚太朗（森田成一 配音）是一名平凡的高中生，过着风平浪静的生活。一年一度的收获祭即将到来，这个热闹欢快的祭典让整个城市都陷入了欢乐而躁动的海洋之中。 瑚太郎接受了一份寻找新闻线索的工作，于是开始了在城市各处的奔走，在此过程中，只存在于都市传说之中的怪奇事件和神秘生物渐渐浮出了水面，与此同时，瑚太郎的身边亦发生了许多令他百思不得其解的怪事。为此，瑚太郎找到了超自然研究会的会长千里朱音（喜多村英梨 配音），希望后者能够解答他的疑惑，哪知道在两人调查的过程中，瑚太郎的一干好友纷纷被卷入了风暴之中。
柏木空（田村睦心 配音）是一名平凡的男子高中生，因为父亲是一位冒险家，常常不在家，因此，从很小的时候起柏木空就开始独立生活，变得非常擅长料理家事。这一天，柏木空收到了父亲从埃及寄来的包裹，打开包裹后，一个小小的木乃伊出现在了柏木空的面前，看着这个瑟瑟发抖的迷之生物，柏木空哭笑不得。 就这样，柏木空开始了和木乃伊一起的生活，肩负起了照顾小木乃伊的职责。之后，更多奇形怪状的生物出现在柏木空的身边——个性暴躁贪吃又懒惰的可尼、成熟稳重智商超群的阿勇。
我一定会拯救你。 菜月昴打倒了魔女教大罪司教「怠惰」担当的贝特鲁吉乌斯·罗曼尼康帝，并与爱蜜莉雅重逢。两人在经历苦涩的诀别后终于和解，但那却是新的波澜的开端。 超乎想像、走投无路的危机，以及无情袭来的现实。 少年再次面对残酷的命运。
