这是一个被巨人支配着的世界。成为巨人的食物的人类建造起了高达50米的巨大墙壁，以自由为代价去防止墙外的巨人的侵略。10岁的少年艾伦·耶格尔梦想着看到未知的墙外的世界。艾伦对那些满足于暂时的和平而放弃外出的人们感到格格不入。艾伦称他们为“家畜”。他们认为艾伦是“异物”。但是，由于能跨越墙壁的超大型巨人的出现，艾伦的“梦想”和人们的“和平”都瞬间土崩瓦解了。
新宿区东侧……极尽混沌的街区中心，是霓虹闪烁的歌舞伎町。光线愈强则暗影愈浓，在恶人潜伏着的黑暗更深处，侦探长屋的灯光长明。哈德森夫人所经营的这间长屋，聚集着各种古怪之人。野心满满的洁癖侦探、迷惑男人的姐妹侦探、落魄刑警大叔侦探、被黑道驱逐的不良侦探……而其中的压轴人物，是酷爱落语的天才侦探夏洛克·福尔摩斯。开膛手杰克引发猎奇杀人的那一夜，舞台拉开了序幕。侦探之间的互相欺骗为纬，夏洛克、华生、莫里亚蒂三方牵制的友情为经……神秘？或是喜剧？无法判别的戏剧就此开演～。
2015年，涩谷。在从6年前发生的大灾害“涩谷地震”当中复兴的城市所新设的私立高中“碧朋学园”就读的少年宫代拓留，追寻着作为自身设立的新闻部活动一环的、被称作“新时代疯狂的再来”的连续杀人事件……
在遥不可及的远古年代里，人类与神曾经共存于同一片大地，分享一样的天空世世代代，千百年来当每一个人都对神敬畏膜拜。当每一个人都认为受神劳役是理所当然的事，他选择了一条不一样的路他，要以凡人的身份向众神挑战...
全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年。 拥有超越人类的头脑，天生的科学少年千空苏醒了。 从石器时代到现代文明，要跨越这科学史上的200万年！，在这走投无路的状况中，千空寻找着伙伴，决心取回原先的世界。
