原作漫画于2018年开始进行连载，故事讲述在视频投稿网站拥有人气与知名度，被称为「吉他英雄」的后藤ひとり，是一名只对吉他敞开心房的孤独少女。她在某日与寻找吉他手的伊地知虹夏相遇，并加入她们的乐团「结束バンド」，因而走向新的世界。
“夏亚的反叛”的第二次新吉翁战争12年后，宇宙世纪105年（U.C.0105），一个名为“马夫蒂”的反地球联邦组织开始以暗杀政府高官的方式对抗强权统治的地球联邦政府。该组织领导人马夫蒂·纳比尤·艾林的真实身份，是曾与阿姆罗·雷并肩作战的一年英雄布莱特·诺亚之子——哈萨维·诺亚。虽被展现奇异力量的少女琪琪·安达露西亚言语捉弄，但哈萨维仍为实现马夫蒂的目标而步步推进。与此同时，追捕马夫蒂的联邦军大佐凯奈斯·斯雷格收到了刑事警察机构汉德利·约克桑的密约提议。在哈萨维与肯尼斯各自为实现目标而行动时，琪琪亦为履行自己的使命，踏上了前往香港的旅程。
故事发生在1924年的圣瓦尔贵族子弟寄宿学校玛格丽特学院，转学生久城一弥（江口拓也 配音）刚刚来到学校，就因外表而被称为不详的“黑色死神”。实际上，一弥是个老实又木讷的男孩，可正是这样的性格使他总是轻易的会被卷入难以用常理来解释的怪奇事件中。在一次杀人事件中，一弥遇见了身材娇小一头金发的少女维多利加（悠木碧 配音），这个谜一样的少女以其高超的智商帮助一弥脱出了险境，两人的羁绊也从此开始了。 在这个校园里，流传着许许多多耸人听闻的灵异事件，而在这些事件的背后，作祟的究竟是鬼怪还是人类，这个问题的答案就要交给一弥和维多利加去一一破解了。
年幼的爱力克兄弟十分思念去世的母亲，不惜触犯炼金术中最大的禁忌，进行了人体炼成。可是炼成失败了，哥哥爱德华失去了左腿与右臂，弟弟阿尔冯斯失去了肉体，只能把灵魂附身在一副铠甲上。为了偿还他们自己的罪，找回失去的一切，兄弟二人踏上了寻找传说中的“贤者之石”的旅程。 几年后，一位右臂与左腿都是由“机械铠甲”替代的国家炼金术士出现在人们的眼前，他被称作“钢之炼金术师”。
每天浑浑噩噩，除了迟到便是逃学，被同学当作不良少年的光坂高中学生冈崎朋也（中村悠一 配音）在这一过程中和温柔美丽的女孩坂上智代（桑岛法子 配音）熟稔，不知不觉便成为恋人。青春的爱恋平淡，却不乏幸福可言。未过多久，智代当选学生会长，在得到同学们祝贺的同时，他和朋也看似并不搭调的关系引来周围的风言风语，甚至连校长也给予特别的关注。在随后的日子里，朋也与智代不得不疏远起来，他们很少能够找到见面聊天的机会。 似乎因为朋也的原因，智代作为学生会长遭受越来越多的非议，这一切迫使朋也要认真考虑，是否该和智代拉开距离……
《佐佐木与宫野》宣布新作动画制作决定。
