在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
在全球怪物灾难爆发后，世界各国于1966年成立了地球防卫队（GGF），以应对来自地球内外的怪物和外星生命的袭击。 如今，人类对自然界的破坏和全球变暖现象日益严重。 一天晚上，宇宙甲壳怪物巴赞甲出现了。地球防卫队的清理行动遇到了困难，比留间弦人领导的特殊部队陷入了绝望的境地。 这时，一个神秘的巨人带着耀眼的光芒降临了。 这是一个身份不明的大型外星人，代号为“奥特曼”，几十年来在宇航员中一直有着他的传言。 后来，弦人被传唤到指挥中心，突然接到成为特殊怪兽对应分遣队（SKaRD）指挥官的任务。SKaRD是一支秘密组织的特殊怪物反应分队。他指挥的这支特殊部队，以驾驶巨型怪物形状的机器人阿斯加隆为主来对抗怪物灾难。 同时，他还奉命调查在巴赞甲之战中出现的奥特曼是否为必须消灭的敌人。 “我去解决"。 现在，在布莱泽奥特曼之光的笼罩下，弦人队长将与新组织的SKaRD的特殊成员一起，投入到与怪兽的新战斗中，他的心中深藏着坚实的勇气和坚定的正义!
物語は新たなステージへ── 『POP IN ２』のリリースから半年。 ＭＥＭちょの尽力の甲斐もあり、今やB小町はブレイク寸前。 アクアはマルチタレント、あかねは実力派女優の道を順調に歩んでいる。 一方で、かなは以前の明るさを失っていた。 そして、アイとゴローの死の真相を追い求め、ルビーは芸能界を駆け上がる。 ────嘘を、武器にして。
因为家人工作的原因，原本生活在繁华大都市的鹤木阳渚（高尾奏音 配音）搬到了风景秀美的乡下，并且进入了那里的学校就读。并不适应室外作业的阳渚本想加入学校的手工社团，哪知道在误打误撞之下遇见了名为黑岩悠希（筱原侑 配音）的前辈，在前辈的威逼利诱之下，阳渚最终加入了悠希所在的海堤社。 个性大大咧咧，运动神经极为发达的帆高夏海（川井田夏海 配音）、性格沉稳，尤其擅长烹饪的大野真（明坂聪美 配音），再加上一个非常习惯恶搞社员，思维过于活跃和跳跃的社长悠希，阳渚充满了欢笑和汗水的课后部活就此拉开了序幕。
「抜けさせてもらう！」―― 赤魔道士のユークはそう啖呵を切って、5年間在籍したAランクのパーティ「サンダーパイク」を離脱した。彼は、他のメンバーから過小評価、否、バカにされていたことに耐えきれず、ついにその地位を捨てたのだ。 パーティを探していたユークはマリナ、シルク、レインという元教え子3人と再会し、彼女たちのパーティに加入した。「先生」と慕ってくれる彼女たちに励まされ、ユークはその規格外の魔法力とスキルを存分に発揮し、マリナたちの能力を見事に引き出すことで次々にクエストを達成。そして、配信用魔法道具（アーティファクト）「キャメラット君」による“冒険配信”を通じて、パーティ「クローバー」は世間に名を馳せていく。 そんな「クローバー」の夢は最難関迷宮【無色の闇】の踏破。それを叶えるため、様々な迷宮（ダンジョン）に挑戦するが、徐々に世界を揺るがす混沌へと巻き込まれていく――
