故事以江户时代后期为舞台，最强死刑犯忍者「画眉丸」为了能再次与最爱的妻子见面，与处刑人「山田浅右卫门佐切」一同前往被称为极乐净土的小岛，找寻「不老不死的仙药」以换取无罪释放，并在岛上与神秘的怪物以及其他死刑犯互相残杀。
小师爷是生长在江南古镇绍兴的天才儿童，受师爷文化和父亲的影响，立志做一名顶天立地，为国为民的大师爷。他性格顽皮，举止搞笑，极富侠气和正义感。他借用自己的智慧和勇气，与小越、丁丁、钱贯等小伙伴一起，从身边做起，从小事做起，克服各种困难，处处替人排忧解难。在这一过程中，小师爷虽然经历了各种困苦和磨难，但却收获了更多的东西，友谊、关爱、和身心的成长。
