这是一个被巨人支配着的世界。成为巨人的食物的人类建造起了高达50米的巨大墙壁，以自由为代价去防止墙外的巨人的侵略。10岁的少年艾伦·耶格尔梦想着看到未知的墙外的世界。艾伦对那些满足于暂时的和平而放弃外出的人们感到格格不入。艾伦称他们为“家畜”。他们认为艾伦是“异物”。但是，由于能跨越墙壁的超大型巨人的出现，艾伦的“梦想”和人们的“和平”都瞬间土崩瓦解了。
八坂一（三瓶由步子 配音）是一个普通的少年，每年夏天，他都要借宿于祖父位于海边的老宅。这一年是注定不平凡的一年，在方舟咖啡馆里，阿一遇见了令他一见钟情的女子——岚山岚（白石凉子 配音）。岚亮丽的外表和开朗的性格吸引着阿一的注意，但更重要的是，当阿一和岚的双手相触之时，他们居然穿越回了古代的日本！ 原来，岚的实体在二战时期早已死去，现在出现在阿一面前的，是一种被称之为“幽灵体”的存在，当幽灵体遇到了特定的人物时，便能够激活其穿越时间的能力。在咖啡馆里，越来越多的幽灵体聚集在了一起，在她们对于往昔的思念和忧伤之中，岚和阿一发展出了一段超越了时空的爱恋。
