在与暗之科学王国的战斗之后，千空一行人以让史丹利等人占领珀耳修斯号为代价，成功捕获了杰诺。为了躲避猛烈追击，千空一行人以石化光线发源地南美为目标启程！千空与杰诺决定短暂联手，结合彼此的知识，共同逼近那令人憎恶的「光」的真相！为了拯救人类的未来，千空将与伙伴们携手，全力开拓属于他们的「科学之道」！！
舞台设定在崇拜水龙守护神的海底王国「海炎国」，这里因神秘污染和“强行唤醒沉睡水龙”的阴谋陷入危机。利姆露一行人原本是来海岛度假，却被卷入这场深海危机，从悠闲摸鱼被迫营业，潜入苍海深处揭开阴谋、阻止海底文明覆灭。
在火焰魔女事件之后，莫凡再次投入到魔都学府的修炼中，但就在最关键的时刻，突然传来了好兄弟张小候失踪的消息。重感情的莫凡立即停止赛程，带着魔都血族好友柳茹共同赶赴古都，闯入了正处于妖魔活跃期的中心地带。
飞弹伤无（赤羽根健治 配音）表面看来是一个非常平凡的男孩子，在姐姐飞弹怜悧（衣川里佳 配音）的安排下，他进入了战略防卫学园阿塔拉克西亚学习，这里生活的女孩们都拥有着各自的魔导装甲，希望能够通过学习如何操纵它们来成为一名合格的战士。 实际上，飞弹伤无拥有着一项特殊能力，那就是通过触摸女孩们的身体来增加她们的装甲的威力。外冷内热嘴硬心软的千鸟渊爱音（影山灯 配音）、热情奔放身材傲人的优莉西亚（赤崎千夏 配音）、风纪委员姬川映流（长妻树里 配音），在学园里，飞弹伤无很快就交到了朋友。
四谷友助（上村祐翔 配音）是一名中学三年级的男生，在班上友助属于默默无闻的那类学生，他既不喜欢结交朋友，在课业上也平平无奇，总是独来独往。一天放学后，友助在意外中穿越到了异世界，让友助震惊的是，他在这里竟然遇见了同班同学新堂衣宇（久保田梨沙 配音）和箱崎红末（和气杏未 配音），她们一个是班级里人气极高的美少女，另一个则体弱多病，总是在病假中。然而，在这个世界里，他们三人是并肩作战的伙伴。 这并不是一个和平的世界，友助一行人要对抗的，是比他们强大的多的敌人，为了获得胜利保住性命，一切都有被利用的价值，甚至是同伴们的生命，亦可拿来作为与对手博弈的棋子。
Ruby, Weiss, Blake, Yang和她们的朋友们将知识圣器带到了Remnant最北边的Atlas王国。但是这个未来主义的城区和周围充满了Grimm的苔原潜藏着一样多的危险。在这里大家联合起来对抗Salem的势力，然而当不知道到底该信任谁的时候，这个联盟也走向了撕裂。
东京，这个多灾多难的城市，在公元2034年发生了一场大地震，结果彻底破坏了它。为了尽快复苏，基内姆跨国际企业使用了大量人造人：人们称呼它们为“亚人”；各种各样的亚人承担了几乎一切繁重的重建工作，所有对人类危险的工作也由他们来完成！时间，过去了6年，东京：昔日繁华的大都市，再一次在世人眼前矗立起来！到处可听到人们赞叹亚人的伟大和辛劳，亚人的使用也开始广泛。 但是，由于大量重建工作的完成，使得越来越多的亚人被闲置，一些人类也开始抱怨亚人抢夺他们的工作机会；此时，亚人本身的机械故障频繁出现，再加上一些别有用心人的暗中操作，使得城市中亚人犯罪的记录不断上升。为了应付这种局面，东京警察局特设了一个警察部队：AD POLICE，用来监管一切亚人犯罪事件。 不过呢，AD POLICE并未能很好的控制住渐渐混乱的局势；就在此时，一个身穿装甲服的叁人女性集团悄然出现，独自执行消灭亚人犯罪的案件，这也使得当局以及AD POLICE的脸上无光，从而把这叁人女性集团视为犯罪份子。在民间，她们被人称呼为：NIGHT SABERS(午夜骑士)！ 一位从乡下来的女孩，带着对NIGHT SABERS的憧憬，成为东京某公司的OL，一次偶然的机遇，使得她初识了NIGHT SABERS的一员，更因此而毛遂自荐。从此，战士飞刀成为了四位女性的座右铭。不过，虽然NIGHT SABERS的目的在大众看来是英雄般的行为，但其核心的成员却仿佛是别有用心...... 本作是1987年的OVA《泡泡糖危机》的姐妹作品，可以说相同又不同，总之是部好作品
