目が覚めると、そこは見知らぬ森だった。 どうやらここは俺の知らないファンタジー世界らしい。 周囲を見渡せば、おっかない異形の魔獣だらけ。自分の姿を見てみたら、そこには…・・・って、オイ！ 俺、卵に転生したっていうのかよっ！？ 進化先にドラゴンとはあるものの、そもそも卵から孵るには魔獣を狩ってLVを上げなきゃいけないっぽい。 戦うなんて絶対無理！だって俺、卵じゃああぁああああん！！ なんとか進化はできたものの、せっかく出会えた人間からは“モンスター認定”される始末。 俺はただ、人間と仲良くなりたいだけなんだよおおおおお！！ いつだって絶体絶命！
魔法——這不是傳說或童話的產物，而是發展至今將近一個世紀的現實技術。今年春天，持有施展魔法能力的「魔法師」培育機構「魔法科高中」，某位少女將入學就讀。容貌秀麗、完美無缺的優等生——她的名字叫「司波深雪」。深雪夢想著和一同入學的哥哥——達也過著親密的高中生活，但擋在她面前的是一科生與二科生——優等生與劣等生的高牆……!? 由愛慕哥哥之心更勝親情的妹妹——深雪的視角所鮮活描繪的，另一個「魔法科高中」在此上演。
