故事延续第二季主线，灵界与斗魂卫在利益纠葛之下冲突不断，本季灵界派出强盛军队欲对斗魂卫赶尽杀绝，两方势力都在以正在举办门宗大会的五法山为中心汇集，在这里发生着惨烈的战斗与冲突。
与莉可、罗伊以及帕底亚地区的三只最初的宝可梦们一起踏上激动人心的宝可梦世界冒险之旅吧！
诡异末世降临，男主角陈木携万亿诡币重生，开局直接化身天使投资人，当其他人为了几块冥币大打出手时，陈木早已开启了大撒币模式买下各种诡异场景。别人还在规则中苦苦探索生路，陈木却倒反天罡化身规则制定者。各路诡异强者匍匐在他脚下，人类终将站在诡异末世的巅峰。
这是一个神族、魔族和人类混居的世界，久而久之，人们竟然也习惯了这种不寻常的生活。故事发生在国立巴贝那学园之中，土见禀（杉田智和 配音）是一位平凡的少年，童年时期的悲惨遭遇令他早早失去了父母，目前寄宿在青梅竹马芙蓉枫（后藤邑子 配音）的家中，两人每天一同上课放学，彼此之间感情十分要好。 莉希安萨斯（青木沙耶香 配音）是神王的女儿，个性活泼开朗，擅长料理和运动；奈莉奈（松永雪希 配音）是魔王的女儿，在拥有高超智商的同时亦有着宛如天使的钟声一般美妙的歌喉。当两位纯洁的少女因为念念不忘曾经的邂逅而来到土见禀的身边后，会发生怎样有趣的故事呢？
