女高中生织部睦美等人在休学旅行中遭遇空难，漂到了一座孤岛上，而这座岛上，居然有着各种巨大的昆虫！还只是一群高中生的他们，能从这座地狱般的岛上逃出生天吗？
精灵——是一种化身为纯洁无暇的少女形态的异世界生物。但是，与惹人怜爱的外表不同的是，她们还是拥有强大力量的可怕存在。要想让她们失去战斗力，只有两个办法。一是使用武力歼灭她们，二是——和她们约会，让她们春心荡漾。就读于来禅高中的普通高中生五河士道，自从邂逅了精灵“十香”后就掌握了“封印精灵力量”的方法。精灵们虽然拥有强大战斗力，但是却被别人厌恶、惧怕。她们一直孤独地战斗在死亡的世界中。全世界唯一有能力封印精灵的士道为了拯救她们，带着赴死之心与美丽的精灵们的进行战斗（约会）——想要歼灭精灵的人，想要拯救精灵的人，心怀憎恨的人，想要利用她们的人。在各种各样的目的交错中，真正威胁世界的人从黑暗深处现身了。士道终于知道了自己真正的身份，急速发展的故事就这样即将走向结局。
女高中生铃木的个性开朗、交友甚广、擅长察言观色，是班上的中心人物之一，她喜欢的对象是坐在自己隔壁的男同学谷，而谷的个性与铃木恰恰相反，他内敛沉稳、有主见、待人一视同仁。铃木一直无法鼓起勇气告白，直到某日一个偶然机会，两人放学回家时走在同一条路上，并因此牵起了手。之后两人相互倾诉对彼此的好感，并开始交往，而同学们虽然感到讶异，但也都很支持两人的恋情。
故事讲述在町田的住宅地附近，由于大范围的地盘下沉产生了巨大的“穴”。同时，居住在当地的185家人家无一例外地被残忍的杀害。迷一般的恐怖杀人事件一件一件发生，怎么看也不像是人类乾出来的，却一点线索也没有。这些事件似乎和一个迷之老人以及一个被称为禁忌之遗物的“ドゥルジ之箱”有着什么关联。过了5年，近未来的东京。表面上看上去是座繁荣的巨大都市，实际上却已经走向了毁灭的边缘。两极化，犯罪都市。町田惨剧中唯一一个生还者申道兰丸，为了寻找事件的真相成为了警察。然后，新的案件还是在涩谷发生了。有报道称，这是一个吸毒者的狂暴案件，但在申道等警察赶到现场时，眼前清楚的看到正在蹂躏人的妖兽。上前救人的是特殊机动搜查队2课，特殊公安部，通称“特公”的队员，六条樱她们。她们的武器既不是枪也不是警棍，而是用来斩杀妖兽的太刀。申道终于明白日本将在2年内毁灭，于是走上了和妖兽战斗的悲惨道路……
