故事舞台设定在昭和30年代左右的日本，正值高度经济成长期，当时马戏团作为主要娱乐形式，已经融入了人们的日常生活，许多马戏团在日本各地巡回演出，并为了能够参加只有顶级马戏团才被允许参赛的世界级盛会，彼此之间不断竞争、磨炼技艺，在这样的时代背景下，由团长麻利亚率领的向日葵马戏团一边常年为资金短缺而苦恼，一边艰难地继续着巡回演出，就在这时，马戏天才少女鹤卷瑞佳因某些原因来到马戏团，故事也由此开始展开
在某个城市中存在着不为人知的被称为Amazon的吞噬人类的异形的存在。它们的数量，竟达到4000只。制造出这个怪物的元凶正是野座间制药公司！命令名下的野座间Peston Service驱除班秘密处理“Amazon”。 就是在这种情况下，在清洁干净的房屋中一步也不出去的平稳生活着的青年水泽悠和只靠野生的直觉和战斗力的像野兽一样的活着的男人鹰山仁相识，慢慢懂得了在“Amazons”的激烈的生存斗争中生存下去的故事。
一场突如其来的的灾难降临，到底是有预谋，还是被殃及无辜？阴谋和阳谋的交织，迷雾重重。男主的身世逐渐揭开帷幕，他想要成为强者，付出代价，忍常人所不能忍，逆袭之路就此开始。
于2011年底至2012年初发售的两卷OVA，是《女皇之刃》过渡至《女皇之刃 叛乱》的故事。本卷附录于《女皇之刃Premium Visual Book》中，另一卷《圣女的烦闷～信仰之门、重开》则附录《女皇之刃 叛乱 Premium Visual Book》之中。 本卷于2011年10月发售，画册详细信息请见上文“其它相关书籍-其它画册”。本卷动画故事发生于《女皇之刃》以及新篇《女皇之刃 叛乱》之间的时间，本卷除了熟悉的角色艾琳外，第二代叛乱的主角安妮洛特也会登场，讲述她成为美斗士前的状态。
