藤原拓海由于不败的战绩，必然会受到新的挑战。 《头文字D》的第二部着重突出拓海的成长，当然不乏激烈的挑战。最经典的要数赤诚和依吕波山路两位老大的比拼。年轻的拓海在爱情上触了礁，在输给帝王车队的lanEvo 3后，拓海遇到了人生的挫折，对自己和AE86产生了怀疑，AE86真的有足够的实力吗？ AE86的重生来自拓海的爸爸文太，他为AE86改装了赛车用引擎。同时，拓海遇到了同样是AE86的强劲对手秋山涉。有意思的是比赛规则是在同一赛道两车来回追赶，直到其中之一能超越对方为止，既要技术又考耐力。胜利让拓海继续接受这辆AE86和重拾信心回到车手的生涯。
统领日本阴阳师的顶点家族皇一族与暗杀集团樱冢护恩怨纠葛，世仇绵延。皇一族少主昂流是一个心地极为善良的俊美少年，他和双胞胎姐姐北都共同居住在大都市东京。姐弟俩互相爱护，共同打拼，昂流运用自己的灵能力为困扰之人排忧解难。在此期间，他们结识了爽朗帅气的男人樱冢星史郎，这个带有神秘气质的男人轻而易举走进姐弟俩的生活。在相处的一年时间里，昂流对星史郎万分依赖，北都却对这个似乎隐藏着无限秘密的男人产生忧虑。原来星史郎正是皇一族仇敌樱冢护的掌门人，当年他在樱花树上杀人的情景被恰巧在此的昂流撞见。因结界而无法施以毒手的星史郎抹去昂流的记忆，并在男孩身上留下樱冢护的标记，约定当两人再次见面时会相处一年，如果一年之内昂流无法改变他，星史郎就会杀掉昂流。一年期满，他们各自的命运将会如何？
