在与暗之科学王国的战斗之后，千空一行人以让史丹利等人占领珀耳修斯号为代价，成功捕获了杰诺。为了躲避猛烈追击，千空一行人以石化光线发源地南美为目标启程！千空与杰诺决定短暂联手，结合彼此的知识，共同逼近那令人憎恶的「光」的真相！为了拯救人类的未来，千空将与伙伴们携手，全力开拓属于他们的「科学之道」！！
《女神异闻录 4》是《女神转生》外传《女神异闻录》系列最新作，由前作《女神异闻录 3》原班人马制作，承袭高中校园生活 + 神秘灵异事件主题，并采用全新故事。 游戏以前作 2 年后的日本乡村小镇“稻羽市”为舞台，玩家将扮演刚转学到稻羽市八十神高中 2 年级的主角，在追查神秘连续杀人事件时，潜在的“PERSONA”能力觉醒，同时也开启了进入异世界的大门，与其他 PERSONA 召唤者一同挑战神秘的迷宫。 游戏承袭前作的基本系统并加以强化，结合校园冒险与迷宫战斗 2 大部分。冒险部分将让玩家体验与形形色色的夥伴结交与互动的过程；战斗部分则让玩家与夥伴组队深入本作全新登场的乱数产生迷宫，发挥各自的 PERSONA 之力对抗异世界的神秘怪物。
击败青城晋级决赛的乌野，白鸟泽成为他们的下一个对手。
高度发展的都市，拉塞尔市。 在讴歌繁荣的这座城市中，动摇这个世界的巨大阴谋开始启动—— 立刻察知阴谋动向的男人索德，为了揭露阴谋而投身于不为人知的战斗当中。但他得到的线索却只有“El Dorado”这样的关键字而已。在战斗当中，索德遇到了一位名叫索菲亚的少女。索菲亚也在寻求着失踪的哥哥皇后留下的讯息“El Dorado”的含义。索菲亚失去了皇后，而索德也有过失去妹妹的过去。被“El Dorado”这一字句所吸引的两人，从对方身上感受到看不见的羁绊，并开始一同行动。 就这样，各自的心意交错的旅程开始了——
海崎新太（小野贤章 配音）的人生在二十七岁之时走入了死胡同之中，工作仅三个月就选择辞职，两次参加考研却均无功而返，想要找一个可以糊口的工作却屡屡失败受挫，新太不知道也不想知道，究竟还会有什么在未来等待着他。 某日，新太失魂落魄的走在街头，偶然遇见了一位名叫夜明了（木村良平 配音）的神秘男子，并邀请他参加一个看起来极为不祥的实验。在巨大的利益诱惑和保证能够找到工作的承诺面前，满腹疑虑的新太产生了动摇。按照要求，新太将要服下一颗神秘的药丸，之后，他的外表将会回到十七岁的样子，新太需要进入高中三年级就读，整个实验为期一年。就这样，新太回到了校园之中，在这里，等待着他的会是怎样的生活呢？
