学園ヴァンガード！？ この物語の主人公・先導アイチが葛木カムイ、戸倉ミサキとチームを組みVFアジアサーキットを制してからはや数か月・・・中学生だったアイチは高校生になっていた。 アイチの通う学校は優秀な生徒たちが集まる名門として知られる宮地学園高等部。ヴァンガードを介して友達となった森川カツミや井崎ユウタといった同級生たちは別の高校に進学し、アイチは孤独な環境で高校生活をスタートする。 入学した当初は慣れない環境に戸惑ってばかりのアイチだったが、馴染みのカードショップ「カードキャピタル」の仲間である櫂トシキや三和タイシたちのアドバイスを受け、学校生活を充実させるため、アイチは学校にヴァンガードをする部活「カードファイト部」を作ろうとする。
青虫怪利用监视蔬菜精灵的办法偷窥到了很多蔬菜精灵们的秘密，在得意之下他大肆宣扬，放了个大喇叭对着蔬菜园，循环播放自己观察到的秘密嘲笑蔬菜精灵们，蔬菜精灵们很生气，觉得自己的隐私被侵犯了，大家决定主动出击去找青虫怪算账。没过几天，蔬菜精灵们造出了一个空中播放器，他们要以欺人之道还治欺人之身，收集了青虫怪的癖好和隐私在空中播放，而且还会随着导航向其它的青虫居住地飞行，让青虫怪也尝尝隐私被人侵犯的滋味。青虫怪即恼怒又无可奈何，只好躲在贪吃府不出门，蔬菜园又可以维持一段时间的平静了。
海崎新太（小野贤章 配音）的人生在二十七岁之时走入了死胡同之中，工作仅三个月就选择辞职，两次参加考研却均无功而返，想要找一个可以糊口的工作却屡屡失败受挫，新太不知道也不想知道，究竟还会有什么在未来等待着他。 某日，新太失魂落魄的走在街头，偶然遇见了一位名叫夜明了（木村良平 配音）的神秘男子，并邀请他参加一个看起来极为不祥的实验。在巨大的利益诱惑和保证能够找到工作的承诺面前，满腹疑虑的新太产生了动摇。按照要求，新太将要服下一颗神秘的药丸，之后，他的外表将会回到十七岁的样子，新太需要进入高中三年级就读，整个实验为期一年。就这样，新太回到了校园之中，在这里，等待着他的会是怎样的生活呢？
