西宁少年陈长生身患奇症活不过二十岁，为寻改命之法，前往神都参加大朝试，却因与真凤徐有容的一纸婚约，遭受打压，被流放进废弃的国教学院。陈长生凭借三千道藏，开启修行逆袭之旅，青藤宴废天海牙儿，未央宫胜神国七律，更是与伙伴唐三十六、落落、轩辕破奋战大朝试，夺得首榜首名，却得知改命之法难如登天。陷入迷茫的陈长生，在天书陵见证一代传奇荀梅陨落，激励他继续前行，在周园与魔族的战斗中，遇见乔装而来的徐有容，二人一路生死相依，联手挫败魔族阴谋，彼此相爱，却因周园崩塌分离。
有着血红色头发的高中女生阳子一心想做个好学生，得到周围人的认可。然而在她平静祥和的生活背后却是深沉的压抑与掩饰，一夜夜的梦魇给她带来无尽的烦恼与痛苦。一天，一头金发的男子来到她的面前，把她带入了另一个世界，一个充满未知却仿佛故里的地方。 那里有十二个国家，由十二只麒麟选出十二名国王。麒麟生于失身木，他们顺从天意选出具有王气的人，然后以台辅的身份辅佐国王治理国家。当国王失道的时候，麒麟就会得失道之病最终死去。带走阳子的金发男子即是庆国的麒麟，他认定阳子是王，并誓死效忠。阳子的世界发生翻天覆地的变化，历经磨难和内心的挣扎，她最终站在登基塔上接受了天赦，成为景王！
1910年代，由大日本帝国陆军设立的学校——陆军栖凤中学。这是一个为获取可用于军事的超常力量而收集、研究超自然现象的特殊机构。栖凤中学三年级学生岩元胡堂奉军部指令，奔赴全国各地进行调查。然而他所到之处，总会出现拥有特殊能力的“能力者”……！等待着岩元的各种怪奇事件与“能力者”们。向这些“能力者”递出前往学园的“推荐信”的岩元，其真正的意图究竟是……？怪奇与超自然现象，以及“能力者”的存在——揭开他们时代帷幕的浪漫奇谭，就此开幕！
TVアニメ『青の祓魔師 島根啓明結社篇』の続編を描く、『青の祓魔師 雪ノ果（ゆきのはて）篇』2024年10月放送決定！
