故事設定在《CODE GEASS 反叛的魯路修》的四年後 講述了兩名以高超的武藝廣為人知的傭兵，亞修和羅瑟的故事
一代天才玄脉受损成为废物，家族摒弃，世人嘲笑，甚至新婚之夜遭人毒害。玄天至宝，轮回镜现，逆天改命，重启人生，带着仇恨与遗憾，誓要登顶力量的巅峰！
宁静的小镇村住着一位神秘的尤教授，他通过科学实验，使用糖、香料和各种美好的东西，外加神秘的黑色化学物质“X”创造出了三个拥有超级力量的完美女孩，她们的名字分别是：泡泡、毛毛和花花。泡泡的性格在三人之中最为天真开朗，毛毛的性格在三人之中较为暴躁易怒，花花则是天生的领袖和代言人，她们三个人互相帮助，补足对方的不足，组成了以惩奸除恶为终极使命的“飞天小女警”组合。在小镇村内设有专线供村民们呼叫飞天小女警前往帮助他们，小女警们的首要任务就是与各方反派势力斗智斗勇。三位超能小女警需要在小镇需要她们的时候出动，打击罪犯，用自己无与伦比的“女孩力量”守护家园和身边的小镇居民们。
天生拥有“冰火同源”体质的融念冰，自小被冰神塔追杀，跳崖明志后被“鬼厨”查极所救并收为徒，悟到“以魔入厨”的奥义。只身来到冰雪城后，一边精进厨艺，一边苦修魔法，念冰惊人的实力初现端倪。然而，危机接踵而至，念冰是否能化险为夷，成为仰光大陆顶级魔法师？
全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年——拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。面对文明毁灭的石之世界（STONE WORLD），千空决定依靠科学的力量取回原本的世界。他召集新的伙伴，创立了『科学王国』。火、铁、电气、玻璃、手机……千空等人开始跨越从石器时代到现代文明的200万年科学史。但号称灵长类最强的高中生·狮子王司所统率的『武力帝国』却阻挡在他们面前。以净化人类为目标的司，企图利用强大的武力来阻止科学的发展——STONE WARS，就此开战！
