热爱自由的高中生·纳村不道转学到了爱地共生学园，其校中正实行由武装起来的女生们对男生的冷血支配。纳村刚一转学，就被统率学园的天下五剑之一、使用鹿岛神传直心影流的「鬼瓦轮」盯上，并作为肃清对象被卷入了对决之中… 以“无刀”反抗武装少女们的纳村不道会有怎样的命运！？ 此外，似乎与他有着因缘、谜团重重的女帝·天羽斩斩的秘密又是什么呢！？
1989年，日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
故事舞台在21世纪中期的东京，那时东京已经因为温暖化而被密林所覆盖，被骤雨与恐怖的热带蚊所威胁的人们建起了以希腊巨神阿特拉斯命名的高塔移迁到了空中。但是并不是所有的人类都拥有这样的福利，贫困的人们仍然得留在地面与种种危机为邻过着艰辛的生活。摆在刚从少年教养院出来的少女面前的，是一大片危险的密林以及与个性各异的同伴一同参与进以性命做赌注的战斗的命运……
西暦2062年。労働力の大幅な自動化プロジェクトの失敗後、その中核となる人工知能アルテミスが人類との戦いを選んだ末、荒廃した二十年後の地球。 とある基地の地下研究施設で、ひとりの少女、エンプレスが目覚める。彼女は人類の守護者３人の生き残りのうちのひとりであった。 しかし彼女には以前の記憶がない。そんなエンプレスに平和構築軍の大佐は告げる。 エンプレスには、現在、アルテミスが建設中の月と地球を結ぶ軌道エレベーターを完成前に破壊する使命があることを。 完成すれば月で大量生産中の巨大機械軍が大挙して地球へやってくるからだ。 だが、その行く手を仲間であったはずのデッドマスターやストレングス、アルテミスの手先である無人軍隊やカルト集団＜教育機関＞のスマイリーらが阻もうとする。 さまざまな思惑が交差する中、大佐らと軌道エレベーターを目指して進んでいくエンプレス。その先で待ち受けるものとは……。
