天空にゼルクとオリガ、二つの月を抱く世界。落ちこぼれ魔導師ながら聡明なエフェと、ムアール帝国の王女だが出奔した女剣士ジーラは売り出し中の傭兵コンビ。幻夢族の少年オーリンを連れ、ハラーマ大陸を旅していた。
健二和雪希是情同手足的兄妹两，日和是两人青梅竹马的好友，三人常常聚在一起打发空闲的时光，留下了十分美好的童年回忆。然而，某一天，日和突然不告而别，没有留下任何联系方式，也没有告诉健二和雪希自己要搬到哪里去。就这样，日和仿佛蒸发了一样从兄妹两人的生命轨迹中消失了，两人关于日和的记忆也随着时间的流逝而渐渐淡去。 一晃眼多年过去，健二和雪希都考上了高中，即将开始洋溢着青春气息的高中生活。一天，健二房间的衣橱里发出了奇怪的声音，让健二没有想到的是，打开衣橱后，里面躲着的竟然正是日和。和他的突然消失一样，日和突然回到了健二和雪希的身边。
ブシロードのトレーディングカードゲーム「カードファイト!! ヴァンガード」を原作とするテレビアニメ・シリーズの第五期。第四期で一区切りを迎えた物語からは大半の登場人物が入れ替わり、主人公の新導クロノを中心とする新たな物語へと突入する。本作から梅本唯が新たに監督を務め、シリーズ構成は「ラストエグザイル -銀翼のファム-」「悪魔のリドル」の吉村清子にバトンタッチされた。キャラクターデザインは引き続き、とみながまりが担当している。 ある日、中学生の新導クロノは下駄箱に謎のカードの束と一枚の地図が置かれているのを発見する。それは“ヴァンガード”というカードゲームのものであり、“ギアクロニクル”と呼ばれる誰も見た事のない幻のカードだった。“ヴァンガード”の世界を知り、綺場シオンや安城トコハとの出会いを経て、クロノの運命は大きく動き始める。
