省吾達の帰還から数百年が経った時代。人々はコンピューターシステムに支配された街「エデンシティ」で暮らしていた。それは、かつての人類の過ちを繰り返さない為に取られた手段だった。しかし、その支配を嫌ったレジスタンスによる反攻作戦が開始される。 そして明らかになった支配者ウォン・ダイの正体は、あの矢作省吾だった。地球に帰還した際、彼を7Gのオペレーターと認めなかったクリエーター達は、バーチャルではなく人間であるオリジナル・イヴと彼との接触を恐れ、システムの操り人形ウォン・ダイと化してしまったのだった。 省吾はその支配から開放された直後、後を本作の主人公であるエイジ・タカナカに託して死んでしまう。それを知ったイヴは単身、A.D.A.M.へ向かう。人々を救う為……。
浩瀚宇宙，人类对维度的认识还很有限，在人类已知的维度之外还存在着其他高级维度世界。在质维里，暗维阵营想要侵占更多的维度空间扩大领地，而光维则守护着其他维度与他们战斗着。在他们最后的战场地球上，光维将自己和暗维一起降维成平面。两个阵营的维灵也留在了地球。只有少数拥有解封维度力量的人类，可以将维灵从平面变回立体。他们被称之为“维将”。
