芙莉莲是一位千年精灵魔法使，曾与勇者辛美尔一同击败魔王。 在见证辛美尔寿终正寝后，她再次踏上理解人类心灵的旅程，与魔法使菲伦、战士休塔尔克结伴前往灵魂安眠之地奥伊伦。 这段旅途充满温馨日常与激烈战斗，每个瞬间都在三人之间筑起无可替代的羁绊。
个性活泼开朗有时候显得有些大大咧咧的水无月遥（田村由加莉 配音）、成熟稳重颇具大小姐风范的神无月葵（能登麻美子 配音）、从意大利转学而来的天才少女叶月胡桃（钉宫理惠 配音），活泼可爱的三人平日里在学校中是无话不谈的好友，过着平凡的校园生活，但每当夜晚来临，她们便会变身成为拥有超能力的魔法少女。 三人的目标，是寻找价值连城的天使像，邪恶而又贪婪的地下拍卖组织Black auction得到了它，企图通过它来牟取暴利。成绩优异的学生会长如月唯人（桧山修之 配音）、随叫随到的万能管家长月平之丞（清川元梦 配音），是他们在背后默默的支持着少女们。
故事背景设在明治64年，并由德川庆喜掌握权力的另一个日本。国家靠能量源「龙脉」，形成江户和科学混合的独特发展。但繁华背后，反体制派组织「蛇」正酝酿革命之火。德川政府委任暗组织「鵺」将其驱除。女主角-雪村笑羽在幼时被灭门，于是她作为「鵺」的处刑人，为报仇而持续寻找蛇野目……
在上一季的结尾，钢铁侠被留在了另个次元，这一次在没有钢铁侠的情况下，复仇者团队将会面临新的挑战，新的全新全异复仇者能否担负起拯救队员的责任呢？黑豹，幻世，惊奇队长，卡玛拉，蚁人，黄蜂女新组成的队伍能否担负起重任？
