全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年。 拥有超越人类的头脑，天生的科学少年千空苏醒了。 从石器时代到现代文明，要跨越这科学史上的200万年！，在这走投无路的状况中，千空寻找着伙伴，决心取回原先的世界。
随着友哈巴赫攻入灵王宫，死神与灭却师展开了最终决战。灵王陨落，现实世界随之崩塌。昔日的宿敌联手突入已发生异变的宫殿，共同迎战威胁万物存续的危机。
十六年前，日本通过了《公序良俗健全育成法》，从此往后，一切和“性”相关的信息和字眼就此从世界上彻底消失，公民素质因此而大大提高，整个国家变得无比健康清新。时冈学园是以风纪严明闻名全国的名校，而平凡的高中生奥间狸吉（小林裕介 配音）即将在这里展开全新的校园生活。 一场意外 令狸吉被卷入了一个名为“SOX”的邪恶恐怖组织的阴谋之中，组织中为首的华城绫女（石上静香 配音）竟然是时冈学园学生会的副会长！外表稚嫩，内心老成的早乙女乙女（新井里美 配音），有着同可爱外貌极不相称的腹黑本质的鬼头鼓修理（堀江由衣 配音），在这些“恐怖分子”们的围绕之下，狸吉的生活会发生怎样翻天覆地的变化呢？
