与莉可、罗伊以及帕底亚地区的三只最初的宝可梦们一起踏上激动人心的宝可梦世界冒险之旅吧！
菜月昴（小林裕介 配音）是一位平凡的十七岁高中男生，某日，离开便利店准备回家的他突然被召唤到了异世界。人生地不熟的菜月昂很快就遇到了麻烦，在此危急时刻，名为爱蜜莉雅（高桥李依 配音）的神秘少女带着灵猫帕克（内山夕实 配音）出现在了菜月昂的面前，成为了他的救星，为了报答少 女的恩情...
本该是高中女生的「我」居然在不知不觉间来到未知之地，还转生成「蜘蛛」怪物了！？虽然我成功逃离喜欢同类相食的蜘蛛父母，却不小心闯进怪物们的巢穴。在这个毒蛙、大蛇、巨猿还有龙四处横行的可怕迷宫里，只是一只小蜘蛛的「我」有办法存活吗……真是……开玩笑也该有个限度吧！造成这种状况的元凶快给我出来──！在各方网友的热烈声援之下，蜘蛛子的生存战略正式展开！
全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年。 拥有超越人类的头脑，天生的科学少年千空苏醒了。 从石器时代到现代文明，要跨越这科学史上的200万年！，在这走投无路的状况中，千空寻找着伙伴，决心取回原先的世界。
与白色彗星帝国作战三年后——为了拯救濒临灭亡的加米拉斯民族，戴斯拉总统继续探索新的母星，最终在银河的一处找到了符合条件的行星。但是，那里是强大的星际国家的领土范围内。在银河中爆发的领土纷争，导致与加米拉斯缔结安全保障条约的地球被无情地卷入到了其中。给地球带来军事、经济优越性的时间断层技术，以自己的生命为代价而消失了——虽然被自责的念头驱使着，但依旧担任着大和号新舰长的古代进，为了应对即将到来的事件，和新船员们一起开始了航海训练。却也不知道其中混进了什么人在盯着自己。尽管如此还是要“活下去”?在从未有过的不安时代，大和号迎来了新的旅程。在那前方，有着超乎想象的新敌人在等待着他们……
