羽贺是秘密集结的调查队“王之探索者”的一员。他们的职责是调查这个世间的万物。在一次任务中，羽贺拯救了被龙袭击的村庄，受到了村民们的尊敬。获救的少女妮可拉深受鼓舞，也想跟随羽贺一同探险。然而羽贺的真实目的并不是探险……
本剧讲述超级飞侠与超级宠物们继续乘着迷你基地前往世界各地旅行，在旅行过程中邂逅世界各地的小朋友，并帮助小朋友们解决种种困难和问题的故事。如在山东潍坊，他们帮助小宝成功放飞了巨型章鱼风筝；在菲律宾，他们通过特制音响和扩音设备，帮助一个叫利娅的女孩达成了和鱼儿交朋友、一起唱歌的愿望。尽管遇到不少困难，但超级飞侠和超级宠物们每次都会用炫酷的装备和丰富想象力的办法，圆满地解决问题。
