全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年——。 拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。 “从石器时代到现代文明，要跨越这科学史上的200万年！”。 在这走投无路的状况中，千空寻找着伙伴，决心取回原先的世界！
小男孩叫波波,狗叫阿木狗. 有一次小男孩在买饮料的时候中奖了，所以就的到了一个礼物，那就是阿木狗。
經過七個特異點的戰鬥，人理延續保障機構‧迦勒底終於來到了聖杯探索的最終地點——冠位時間神殿所羅門。要奪回人類的未來，必先要打倒所有事情的元兇‧魔術王所羅門。在迎來最終決戰之前，各人都有自己的安排。 羅馬尼．阿基曼思考自己將要作出的選擇、瑪修則因自己尚餘不多的日子，心裡充滿千愁萬緒。而藤丸則為了最後戰役，穿上新的禮裝。 賭上過往大大小小的相遇，以及眾多的未來，藤丸與瑪修踏上征途……
