幼时曾深陷绝望深渊的直枝理树，与4位少年少女相遇了。 在那之后数年，理树作为Little Busters的一员，喧闹地过着快乐的每一天。 这样的时间能够一直持续就好了。理树所期望的只有这样。 某日，恭介突然表示要成立一支棒球队伍， 理树则开始了寻找成员的任务。 在这样的过程中，理树邂逅了新的成员们。 和大家一起参加试胆大会，潜入女生宿舍时被换上女装，一起演人偶剧……。 经历了许多快乐的事情， 同时也在大家的帮助下解决了各自拥有的烦恼。 最后在棒球比赛中，理树确认了和最好的朋友们之间的牵绊。 ——然而，这并不是结束。 和来谷唯湖之间的故事。 理树与铃的故事。 以及，理树和铃终于知晓的“世界的秘密”。 Little Busters真正的物语，自此开始——。
故事发生在戈加海的海底，在这里，居住着人鱼公主爱丽儿，爱丽儿是管理这片海域的统治者，虽然看遍了蕴藏在海底的各种宝藏，但有一样东西是爱丽儿没有看过的，那就是友谊树的果实。传说中，友谊树每隔千年才会结出一颗果实，不仅如此，通往友谊树的道路充满了艰难险阻，平常人绝对不可能抵达，所以，至今都没有人真正见过友谊树的果实长什么样。 塞拉是一名普通的人类女孩，她的母亲身患重病，于是，她通过一面神秘的墨镜来到了海底王国，在这里，塞拉遇见了爱丽儿，还和寻找时光宝石的辛西娅成为了好朋友，一行人踏上了旅途，他们的目的地只有一个，那就是友谊树所在的地方。
“上吧，修卡!!!!”即使到了40岁，东岛丹三郎仍然真心想成为假面骑士。然而，就在他几乎要放弃这个梦想的时候，被卷入了震惊社会的“伪修卡”抢劫事件……大人们极其认真的“假面骑士游戏”动作戏，正式开幕！
